Судя по скрину с осями, теме надо отзеркалить по Z а потом по Y. Reset делать не надо. используй Mirror с опцией "только оси". и выключи Pivot, чтоб положение осей не улетело. и при применении режим осей ставь "Локальные, Z" а потом "Локальные Y".
Кнопки на панели Structure не сортируются, их раскладывает алгоритм по размеру панельки (по порядку, с переносом по мере заполнения), при этом всё что на панельки (и горизонтальные отбивки типа "custom scene state:" - это тоже "кнопки", которые так же раскладываются. включить в эту мешанину возможность переставлять кнопки вручную довольно хитрая затея, чтоб вот так сходу дать правильное решение... хотя при такой возможности можно реализовать такие варианты как "совместить в одно" или "заменить одно другим" (например, после File\Merge). Вообще, идея, возможно, стоящая, но технически непростая.
P.S. по поводу тёмной темы, вот такую не пробовал ставить:
https://forum.zmodeler3.com/viewtopic.p … mp;t=11920